Venendo all'interno della chiesa, dopo aver varcato il semplicissimo ingresso, c'è da notare innanzitutto la ripartizione dello spazio architettonico in tre navate. Quella centrale è esattamente il doppio in altezza e larghezza rispetto alle laterali; tutte e tre sono coperte da un tetto in legno ( volta a capriate ).
Si vede subito come le colonne che dividono le navate siano diverse tra di loro, così come i capitelli, e anzi come manchino completamnete le colonne a sinistra dell'ingresso perchè sostituite con tozzi e freddi pilastri in seguito a lavori di restauro eseguiti pare nel 1505.
In fondo alle navate vi sono poi le absidi; quella centrale un tempo era ornata da un affresco di cui oggi non resta quasi più traccia.
L'interno della chiesa, come era d'uso in tempi di misticismo e di forte religiosità di massa, è rischiarato da una debole luce proveniente da strette finestre poste sull?alto della navata centrale.
Di notevole interesse nella chiesa del Canneto è pure il pulpito ( ambone ), un lavoro risalente al 1223 e che perciò mostra delle sculture assai più raffinate che quelle dei capitelli e della porta. Le statuette in bassorilievo raffigurano dei momenti della vita monacale benedettina, ispirata alla regola ''prega e lavora''.
La chiesa, dopo i lavori compiuti nel 1929 per renderla agibile e salvarla dalle piene del fiume Trigno e del torrente Pontemusa, è stata ora totalmente ristrutturata ( 1979 ) e finalmente restituita alla sua originaria purezza architettonica e decorativa.
Uscendo fuori dalla penombra della chiesa ci si ritrova nuovamente nella macchia dei pini e dei cipressi, sotto la cui ombra d'estate i turisti sono soliti fermarsi a mangiare e a riposare.
Da qui è possibile anche osservare un basso e grezzo edificio, non molto distante dalla chiesa, che costituirebbe l'uunico resto dell'antica e potente badia benedettina esistente un tempo.
La chiesa del canneto costituisce dunque, dal punto di vista storico, architettonico ed artistico senz'aòltro uno degli itinerari più interessanti e più accessibili da San Salvo e dintorni.
Le notizie storico-artistiche su Santa Maria del Canneto sono state tratte da un opuscolo del sac. Giovanni Fangio stampato in Trivento nel 1976.